2010年，前小学生已经进入大学，太一、阿和等人走上了不同的人生道路（八神太一和石田大和将长大到22岁）。此时此刻，数字宝藏的研究人员Koji（松冈莫约配音）告诉他们，随着“被选中的孩子”长大，数字宝藏也会消失。
故事发生在昭和58年的一个炎热夏天，由于父母的工作调动，十六岁的少年九澄（小林优 配音）从繁华的大都市搬到了名为嫦娥街的山中小镇，一条小河将这个小镇分为了“新市街”和“旧市街”两个部分。
时间是公元2040年。年轻人连仁患有一种罕见的疾病，在再次见到青梅竹马的艾丽莎后，他接受了冷冻睡眠治疗。5年后，当连仁醒来等待他的时候，全世界99.9%的男性死于这种病毒，目前世界上有50亿人，其中大部分是女性。
