已是江户时代后期，时有明石藩江户之家老间宫图书（内野聖陽 饰）在幕府老中土井大炊头（平幹二朗 饰）的宅前自杀，此举引起朝野震动。一切皆由明石藩主齐昭（稲垣吾郎 饰）而起。
小智和皮卡丘以及他们的同伴在旅途中前进。有一天，宝可梦波尔克尼安从天而降，被迫和小智关在一起。Polkenyon和被人类伤害的宝可梦人住在一起，所以他非常讨厌人类，但这条神奇的链条让他们形影不离，精彩的故事从这里开始。
故事开始于从美国转学的学生会长田村富美（西田富吉饰演）和Mashili（GACKT饰演）的会面。外表和气质都非同寻常，看似来自东京的美女实际上来自埼玉县。白梅对李明丽偷偷庇护埼玉的行为感到困惑，但忍不住被李明丽吸引了。渐渐地，这个故事发展成了东京和埼玉之间的斗争，甚至涉及隔壁的千叶
