在遥远的未来，世界人口在达到峰值后将开始呈现下降趋势。为了确保物种的繁荣和生存，人类创造了用于管理生态系统的人工智能，并进行了“人类多样性实验”。
不过店主（北村弘一 饰）叮嘱，无论如何千万不能将蛋放在头顶，否则将由可怕的事情发生。不幸的是，乱马无意中将蛋放在了九能的头上，一只长相奇怪的鸟儿诞生了。它帮助九能成为足以打败任何对手的强者。争强好胜的乱马无论如何都要挽回面子…… 本片根据高桥留美子的漫画《乱马1/2》改编，系该动画的剧场版第3部。
在拥有军官身体的同时，女孩们还秘密监视她们的思想，以消除持不同政见者。玛加塔（特蕾莎·安·萨沃伊饰）是纳粹的忠实支持者，年轻时，她毫不犹豫地加入了妓女的行列。然而，在执行任务的过程中，她发现现实并不像她之前所知道的那样美丽和光明。突然觉醒后，她决定为摧毁纳粹阴谋贡献自己微薄的力量。
