内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。 随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙－－“机动战士高达独角兽”托付给他。 随后，一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……
同一天，身着黑衣的美女黑泽菊里受哥哥委托，将一个银色手提箱交给夏目直树，并唤醒一种名为“聪明的魔神”的神秘武器。借着获得这个手提箱的机会，志纯了解到了这个世界隐藏的真相——上帝已经抛弃了人类，这个世界一度被摧毁，利用“恶魔”的力量重新生成了“第二世界”。被命令使用武器拯救世界的志纯遇到了一个自称是恶魔的女巫，以及一个同样被鬼魂困扰的学生校长。男主人公被无数不同类型的漂亮女孩包围，华丽的故事应该开始了
