一护再次拿起屠魂之刃，踏上战场。另一方面，在尸魂境界中观察到，当前世界的空虚突然而持续地消失了。灵魂被引导到这片土地的流魂街的居民消失了，死神驻扎的灵屋景灵亭也遭到了土匪的袭击。土匪军队的真实身份是由消灭师创始人尤哈巴领导的“隐形帝国”。看不见的帝国向死神宣战。五天后，尸魂界被“看不见的帝国”毁灭，死神背负了数千年的命运。命运和隐藏的真相终于揭晓了。一切都快结束了。黑崎一护，最后的战斗已经开始--
故事发生在遥远的未来，彼时，地球已经被人类所制造的污染破坏殆尽，更有污染产生了邪恶怪兽横行占领了人类的生存空间。无奈之下，人类只能移居到了拥有独立意识的“自律型移动都市”之中，而这些都市之间，则为了争夺少之又少的资源而展开了激烈的争斗。
