--在未知的生命体中被地球摧毁的人类，高达15米的高娜，在巨大的宇宙飞船“sienia”中勉强幸存，高娜在100年后出现。虽然是人类再次受到毁灭危机的袭击，但它被作为该人和高娜生产的白羽服装的王牌飞行员的弥生长道的活动以及人类战斗武器和警卫（Ruby）击败了。他设法赢了。十年后。辛西娅的人民享受了短暂的平静。
故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。
这一天，救助女神事务所的数据出现了问题，萤一的契约可能会被取消！而唯一恢复契约的方式就是萤一再次说出一年前的愿望，可是萤一却忘了当时所说的话。 到底当时萤一许下了什么愿望，他与贝璐丹蒂的幸福生活还能否继续？为了明天的幸福，今天一定要想起当时许下的心愿。 根据藤岛康介同名漫画改编的TV版动画第2季。
