彼らに対抗できるのは、「ペルソナ」と呼ばれる特殊能力を持つ者たちだけだった。私立月光館学園に転校してきた結城理はペルソナの力に目覚め、同じペルソナ使いたちで構成される特別課外活動部に引き入れられる。しかし、部員たちはそれぞれの理由で影時間の真相を追う中、想像を絶する運命と対峙することになる。
女孩小花（第二阶段，富有而美丽）在地震中失去了所有的亲人。救生员春武（浅野忠男饰）收留了无家可归的小花，两个没有血缘关系的人组成了一个家庭。经过多年的眨眼，小花已经成为一个优雅的年轻女孩，春舞也有了一个女朋友（川井清叶饰演）。
